Anadolu, İstanbul üzerinde kurduğu bu egemenlikten yararlanmak düşüncesinde idi. M. Kemal yeni hükümetten özellikle Milli Mücadele’ ye karşı olan asker ve sivil yöneticileri görevden almasını, onların yerine Anadolu’daki millicilerin güvenini taşıyan isimlerin getirilmesini, ordunun milli amaçlara uygun olarak yeniden düzenlenmesini ve Meclis-i Mebusan’ın biran önce toplanmasını sağlamasını istiyordu. Anadolu’nun bu istekleri karşısında İstanbul Hükümeti, M. Kemal ile yüz yüze görüşmenin faydalı olacağı kanaatine vararak, Bahriye Nazırı Salih Paşa’ yı Amasya’ya göndermiştir. 16 Ekim 1919’da Hüseyin Rauf ve Bekir Sami Beylerle Sivas’tan hareket eden M. Kemal, iki gün sonra Amasya’ya varmış, 20 Ekim’ de başlayan görüşmeler 22 Ekim’ de sonuçlanmıştır. Bu görüşmeler sonunda taraflar, karşılıklı olarak birbirlerinden bekledikleri hareketleri ve davranış tarzlarını protokoller şeklinde düzenlemişlerdir. Beş protokol halinde düzenlenen bu esasların ilk üçü açık ve imzalı, diğer ikisi ise gizli ve imzasız olarak düzenlenmiştir.
İlk protokolde genellikle İstanbul Hükümeti’nin Anadolu’dan istekleri yer almaktadır. Bu istekler; ordunun siyasetle uğraşmaması, İttihatçılığın ülkede tekrar canlandırılmaması, Temsil Heyeti’nin hükümeti küçük düşürecek beyanlarda bulunmaması, seçimlere müdahale edilmemesi, hükümet aleyhinde yazılar yazılmaması şeklinde ifade edilebilir.
İkinci protokol ise tarafların ortaklaşa kararlaştırdıkları hususları içermektedir. Örneğin; Hıristiyanlara sosyal dengeyi bozacak ayrıcalıkların verilmemesi, Meclisin İstanbul’da toplanmasının uygun olmayacağı hususları gibi.
Üçüncü protokol daha ziyade seçimle ilgilidir. Temsil Heyeti’nin seçimlere müdahale etmemesi, Hıristiyanların seçimlere katılmalarının sağlanması, İttihatçıların Tehcirle ilgili olanlarının seçilmemesine dikkat edilmesi gibi esaslar yer almıştır.
Gizli ve imzasız olan dördüncü protokolde tamamen Temsil Heyeti’nin İstanbul Hükümeti’nden istek ve beklentileri yer almıştır. Bunların başlıcası, görevlerinden alınan ve mahkemeye verilen subaylar hakkındaki emirlerin düzeltilmesi, Malta sürgünleri hakkındaki kararın, kişilerin yargılanmasından sonra verilmesi, İzmir’den Yunanlıların çıkartılması için hükümetin protesto girişimlerinde bulunması, İstanbul’daki zararlı cemiyetlerin yayınlarının engellenmesi, Kuva-yı Milliye’nin mali açıdan desteklenmesidir.
Yine gizli ve imzasız olan beşinci protokolde barış görüşmelerine gönderilecek kurulda bulunması gereken delegelerin isimleri yer almıştır.
Salih Paşa İstanbul’a döndükten sonra taahhüt ettiği bu esasların bir çoğunu yerine getirememiş, ancak Meclis-i Mebusan ‘ın yeniden toplanabilmesi için çalışmaların başlatılmasını sağlamıştır. Ayrıca Amasya Görüşmeleri ile isyancılar olarak nitelendirilen Kuva-yı Milliyecilerin, İstanbul Hükümeti’nce muhatap kabul edilmesi, Temsil Hükümeti’nin varlığının meşrulaşması açısından önemlidir.