Sarayda padişahın yaşadığı alan, oradaki kadınlardan dolayı değil Tanrının yeryüzündeki gölgesi (Zıllullah fi’l-arz) olarak kendisi kutsal olmamakla birlikte varlığıyla kutsal bir mekân oluşturan padişahın orada bulunmasından dolayı Harem-i Hümâyun olarak anılmıştır.
Haremdeki kadınların başında Valide Sultan yer alır. Hükümdarın eşleri, kızları, oğulları, kardeşleri buradadır. Ölen hükümdarın harem halkı, Topkapı Sarayından ayrılıp Eski Saraya giderdi. Valide Sultanlar, hükümranlık gücünün bekçileri olarak, hanedanın yenilenmesini güvence altına almaktan da sorumluydu.
Haremde de enderundakine benzer bir örgütlenme ve eğitim düzeni vardı.
Valide Sultanın yönettiği haremin hizmetlerine harem ağaları bakardı. Kara hadım ağalarının başında ise kızlarağası da denilen darüssaade ağası vardı. Köle olarak satın alınan veya esir edilen cariyeler burada, güzel sanatlardan el işlerine kadar çeşitli konularda sıkı bir eğitimden geçerdi. Padişahların eşleri giderek sadece bu cariyeler arasından seçilecektir. Padişahtan erkek çocuk sahibi olan cariye kökenli gözdelere ise haseki denirdi.
Divan’ın toplantı yeri, Topkapı Sarayında, ikinci avluda harem dairesine bitişik Kubbealtı idi. Divan toplantıları XVI. yüzyılda haftada 4 veya beş gün iken, XVII. yüzyılda ikiye inmiş, XVIII. yüzyılda ise iyice azalmıştır. Toplantılar sabah namazından sonra başlardı. Toplantının gündemini reisülküttab hazırlardı. Padişah onayına sunulması gerekmeyen işler hemen hazırlanarak nişancıya verilir, o da padişahın tuğrasını çekerdi.
Ancak bazı konular “arza çıkmak” suretiyle padişah tarafından bizzat onaylandıktan sonra kesinleşirdi. Padişahın divan toplantılarına katılmadığı dönemde toplantılara onun mutlak vekili konumundaki veziriazam başkanlık ederdi.
Fatih Kanunnamesinde Padişahın mutlak vekili ve herkesin büyüğü olarak (“vüzerâ ve ümerânın …başıdır, cümlenin ulusudur”) tanımlanan veziriazam aynı zamanda padişahın katılmadığı seferlere serdar-ı ekrem unvanıyla başkomutanlık ederdi.
Diğer vezirlerin sayısı 3 ila 7 arasında değişmiştir. Kubbealtı veziri denilen bu kişiler de zaman zaman serdar unvanıyla seferlere komutanlık ederdi.