Bu ayaklanmalar 1920 yılının Mart ve Nisan aylarında Ankara’nın Milli Mücadele’nin merkezi olarak belirdiği dönemde filizlenmiş TBMM’nin açılmasıyla da artmıştır. Padişah Vahdettin ve Sadrazam Damat Ferit şeyhülislamdan fetva almışlar ve bu fetvada Milli Mücadelecilerin asi olduklarını söylemişlerdir. Bu fetvalar İngiliz uçaklarıyla yurdun pek çok bölgesine dağıtılmıştır.
Karmaşa ortamından yararlanılarak azınlıklar tarafından bağımsızlık kazanmak ya da başka bir devletle birleşmek amacıyla çıkarılmıştır. Bunlardan Ermeniler, Doğu Anadolu’da bir Ermeni Devleti kurmak, Rumlar ise Karadeniz’de bir Rum Devleti kurmak, Batı Anadolu ve Trakya’nın Yunanistan’a bağlanmasını kolaylaştırmak gibi faaliyetlerde bulunmuşlardır. Toprak bütünlüğünü doğrudan tehdit etmiş isyanlardır.
Pontus Rum İsyanı bölgenin fizikî yapısından dolayı diğer isyanlara göre daha geç bastırılmıştır.
TBMM’nin otoritesi altına girmek istemeyen ve düzenli ordunun kuruluşuna karşı çıkan Kuvayımilliye güçlerinin çıkardığı ayaklanmalardır. Bunlara; Çerkes Ethem ve Demirci Mehmet Efe İsyanları örnek gösterilebilir.
Çerkez Ethem Ayaklanması: İzmir’in Yunanlılar tarafından işgalinin ardından “Kuva-i Seyyare” adı verilen birlikleriyle Yunan ordusuna karşı mücadele etmiş ve TBMM’ye yönelik isyanların bastırılmasında önemli roller üstlenmiştir. Bu faaliyetlerinden dolayı Milli Mücadele’nin lideri olma düşüncesine kapılmış bu yüzden düzenli ordu kurulduğunda bu ordunun emrine girmemek için isyan etmiştir. Yunanlılara karşı yapılan I. İnönü Savaşı’nın kazanılmasıyla bu isyan da bastırılmıştır.
Ayaklanmalar yalnızca düşmanın işine yaradı, onların ilerlemesini kolaylaştırdı. Bu nedenle TBMM varlığına yönelik bu tehdide karşı gerekli önlemleri aldı. Bu önlemler:
Hıyanet-i Vataniye Kanunu’nun çıkarılması TBMM’nin yasama görevini gerçekleştirdiğine kanıttır.
İstiklal Mahkemesi üyeleri milletvekilleri arasından seçildiği için TBMM’nin yargı yetkisini de üstlendiğine kanıttır.