Yunanlıların beklenen başarıyı göstermemeleri İngilizleri oldukça tedirgin etmiştir. İngilizleri rahatsız eden başka bir gelişmede Hint Müslümanlarının Anadolu’daki Milli Mücadeleyi destekleyerek İngiltere’ye sorun oluşturmalarıdır. Yunanlılara olan güvenin sarsılmasına rağmen İngilizlerin Yunanlıları desteklemekten başka çareleri de yoktur. Çünkü İngiliz Başkanı Lloyd George, Sevr’i Türklere kabul ettirememeyi İngilizlerin prestijine indirilmiş büyük bir darbe olarak görmektedir.
Anadolu’daki kuvvetlerin sayısını iki katına çıkaran, yanlarına krallarını ve İngilizlerin desteğini alarak 10 Temmuz 1921’de yeni bir saldırıya geçen Yunanlılar, artık bu sefer Ankara’ya giderek Türklerin işini bitirmek niyetindedirler. Ankara hükümetinin hazırlıksız yakalandığı bu saldırı, 13 Temmuzda Afyon’un düşmesine yol açmıştır. Yunan taarruzunun durdurulamamasından dolayı 17 Temmuzda Kütahya elden çıkmış, 19 Temmuzda da Eskişehir işgal altına girmiştir. Eskişehir yönüne yapılan karşı taarruz gelişemeyince, Türk kuvvetlerinin daha fazla kayba uğramamsı için ordunun Sakarya nehrinin gerisine çekilmesine karar verilmiştir. Türk ordusu 25 Temmuzdan itibaren bu yeni savunma hattında gerekli tertibatı almaya başlamıştır.
Yunanlıların Eskişehir-Kütahya Savaşlarında elde ettiği başarı yurt içinde ve dışında büyük yankılar yaratmıştır. Türkler üzerinde büyük üzüntüye, çekinmeye, hatta korkuya neden olan bu gelişme çeşitli tartışmaları da beraberinde getirmiştir. M. Kemal Paşa, ordunun Sakarya nehrinin gerisine çekilme kararını verdiğinde bu kararın bir takım sıkıntılar doğuracağını tahmin etmiş, ancak başarıya ulaşabilmek için askerliğin gereklerini yerine getirmeyi faydalı görmüştür. Sorumlu arayan bazı meclis üyeleri ordunun geri çekilmesini ve ordunun tutumunu eleştirmişlerdir. Meclisteki muhalifler sorumlu ararken, telaşlanan bazı meclis üyeleri, meclisin Ankara’dan, Anadolu’nun daha güvenli bir yerine taşınmasını bile konuşmaya başlamışlardır. Mecliste yaşanan tartışmalar sırasında, M. Kemal Paşanın Türk ordularının başına getirilmesi gündeme gelmiştir. M. Kemal Paşada, “ordunun maddi ve manevi gücünü arttırmak ve en yüksek seviyeye ulaştırmak için üç ay müddetle meclisin sahip olduğu yekinin kendisine verilmesi” şartıyla başkomutanlığı üzerine almayı kabul etmiştir. Bazı üyelerin itirazlarına rağmen M. Kemal Paşa, 5 Ağustos 1921’de çıkarılan bir kanunla başkomutanlık görevine getirilmiştir.
Bu emirlerin uygulanmasında bir suistimale meydan vermemek için, Ankara, Samsun, Kastamonu, Konya ve Eskişehir’de İstiklal Mahkemeleri kurulmuştur. Tekalif-i Milliye emirlerinin eksiksiz yerine getirilmesine rağmen, Yunan kuvvetleri ile Türk kuvvetleri arasındaki dengesizliği ortadan kaldırmak mümkün olamamıştır. Çünkü Yunan ordusu çok güçlü bir sömürge imparatorluğuna sahip olan İngiltere tarafından desteklenirken, Türk ordusunun gücü uzun savaş yıllarının yıprattığı, bütün kaynakların tükendiği fakir Anadolu’ya dayanmaktadır. Bu sebeple Türk idare heyeti, Ankara’nın düşmesi durumunda mücadeleye Kayseri’de devam ederek, her ne pahasına olursa olsun düşmanı yurttan atmak niyetindeydi. Bu düşünce ile Doğu ve Güney cephesindeki tamamına yakını da Batı Cephesine kaydırılmıştır.