Kuvayımilliye, işgaller karşısında, halkın harekete geçerek kendi bölgelerini korumaya çalışması hareketidir. Mondros Mütarekesinin imzalanmasına Türk milletinin ilk tepkisi cemiyetlerin kurulması olmuştu. Mondros Mütarekesinden sonra işgallere Türk halkının ilk tepkisi ise Kuvayımilliye birlikleri mücadele olmuştur.
Kuvayımilliye Milli Mücadele için son derece önemli roller üstlenmiş ancak zaman zaman disiplinsiz davranışlarıyla halkın tepkisini de çekmiştir. Suçluları kendi yöntemleriyle cezalandırmaları, belirli bir disiplin ve otoriteye bağlı olmamaları Kuvayımilliye’nin olumsuz özellikleri arasında gösterilebilir
Mondros Mütarekesi’nden sonra Suriye’de bulunan Yıldırım Orduları komutanlığına atanan ilgili makamlara
ateşkesin sakıncalı yönleri ile ilgili endişelerini bildirmiş ancak görüşleri dikkate alınmadığı gibi kendisi de Harbiye Nezareti emrine atanmıştır.
Mustafa Kemal durumu yerinde inceleyip kurtuluş çareleri aramak için İstanbul’a dönmeyi kabul etmiştir.
Mustafa Kemal makamını kullanarak padişahı Anadolu’da güvenli bir yere götürebilmek ve kurtuluş mücadelesini yürütmek için Ahmet İzzet Paşa Hükûmeti’nde Harbiye Nazırı olmak istemiş ancak olamamıştır.
Mustafa Kemal İstanbul’da bulunduğu sırada Hükûmet üyeleri ordu komutanları gibi ileri gelen kişilerle çeşitli görüşmeler yapmış ve kurtuluş çareleri aramıştır.
Mustafa Kemal Ahmet İzzet Paşa kabinesinde Erkan-ı Harbiye Nazırı olmak istemiş ancak bu düşüncesi gerçekleşmemiştir.
Hükûmetin ve padişahın büyük bir ümitsizlik içinde İngilizlere boyun eğmiş olması ve İstanbul’un İtilaf Devletleri’nin denetiminde bulunması Mustafa Kemal’in hareket alanını kısıtlıyordu. Bu yüzden kurtuluş için tek yolun Anadolu’ya geçmek olduğu kanısına vardı ve resmi bir görevle Anadolu’ya geçmek için fırsat kollamaya başladı.
Anadolu’da ise Mondros’un imzalanması azınlıklara bölücü faaliyetleri için uygun bir zemin hazırlamıştı. Karadeniz bölgesinde Rumlar çeteler kurarak köyleri basıyor ve Türklere zarar veriyordu. Zaman zaman Türklerin de karşılık vermesi Samsun ve çevresinde çatışma ortamı oluşmasına yol açmıştı. Bu durum karşısında İngilizler İstanbul Hükûmeti’ne bir nota vererek çatışmaların durdurulmasını aksi takdirde Mondros’un 7. maddesine dayanarak Samsun’u işgal edeceklerini bildirmişlerdi.
Görüldüğü gibi İngilizler Mondros’un yoruma açık, esnek maddelerini kendi çıkarları doğrultusunda kullanarak İstanbul Hükûmeti üzerinde baskı oluşturmuşlardır.
İstanbul Hükümeti Samsun’un işgal edilmesini engellemek için İngilizlerin işgal tehdidine boyun eğerek karışıklığın engellenmesi amacıyla “9. Ordu Müfettişliği” adı verilen bir müfettişlik oluşturmuş padişah da bu göreve Mustafa Kemal’i atamıştır
Bu müfettişlik daha sonra 3. Ordu adını almıştır.