Sivas Kongresi’nin ardından Mustafa Kemal 12 Eylül’den itibaren ilgili makamlara çektiği telgraflarla Milli mücadele’yi engellemeye çalışan İstanbul Hükümeti’yle her türlü haberleşmenin kesilmesini istemiştir.İstanbul’a gönderilen haberde ise “Adaletli bir yönetim kuruluncaya kadar İstanbul ile tüm ilişkilerin kesildiği bildirilmiştir.”
Temsil Heyeti Ali Galip Olayı’ndan İstanbul Hükûmeti’ni sorumlu tutmuş ve Ali Galip’i yönlendiren Damat Ferit’in istifa etmesi için İstanbul ile haberleşmeyi kesmiştir.
Temsil Heyeti haberleşmeyi kestiği için İstanbul 20 gün boyunca Anadolu’dan haber alamamıştır. Bunun üzerine padişah ve İtilaf Devletleri’nin baskılarına dayanamayan Damat Ferit Hükûmeti istifa etmek zorunda kalmıştır. İstifa eden hükûmetin yerine 2 Ekim 1919’da Ali Rıza Paşa Hükûmeti kurulmuştur.
Damat Ferit Hükûmeti’nin istifa etmesi Temsil Heyeti’nin ilk siyasi zaferidir.
Ali Rıza Paşa Damat Ferit’e göre Milli Mücadeleye karşı ılımlı davranmış bu yüzden taraflar arasında olumlu bir hava esmeye başlamıştır.
Ali Rıza Paşa Temsil Heyeti ile iyi ilişkiler kurarak Anadolu Hareketi’ni kontrol etmeye çalışmıştır.
Mustafa Kemal, yeni hükûmete gönderdiği telgrafta;
isteklerinde bulunmuştur. Mustafa Kemal ile Ali Rıza Paşa’nın karşılıklı görüşmeleri sonucunda Amasya’da, her iki tarafın uzlaşması amacıyla bir görüşme yapılmasına karar verildi. Amasya Görüşmeleri’ne İstanbul Hükûmeti adına Bahriye Nazırı Salih Paşa katıldı. Milli Mücadele adına Temsil Heyeti başkanı olan Mustafa Kemal ve arkadaşları katıldı.
İstanbul Hükûmeti geçersiz bir kuruluş olarak gördüğü Temsil Heyeti’ni Amasya Görüşmeleri ile hukuken tanımıştır.
1) Meclis-i Mebusan derhal toplanmalıdır.
Halk iradesinin yönetime yansımasını sağlayarak İstanbul Hükûmeti’nin denetlenmesi amaçlanmıştır.
Taraflar arasında anlaşamaya varılamayan tek konu meclisin toplanacağı yerdir. Mustafa Kemal Amasya Görüşmeleri’nde ısrarla Meclisin İstanbul dışında toplanmasını savunmuştur. Çünkü işgal altında olan İstanbul’da meclisin çalışmalarını özgürce gerçekleştiremeyeceğini düşünüyordu. Ancak Salih Paşa anayasayı (Kanun-i Esasi) gerekçe göstererek meclisin İstanbul dışında toplanmasını kabul etmemiştir.
2) Milletvekili seçimleri serbest bir şekilde gerçekleştirilecektir.
Salih Paşa seçimlerde İttihatçıların aday gösterilmemesini istemiş Mustafa Kemal’de buna karşılık Milli Mücadele’ye karşı olan subayların tutuklanmasını istemiştir.
3) Hiçbir vilayet düşmana terk edilmeyecek, himaye kabul edilmeyecektir. Bütünlük ve istiklal korunacaktır.
4) İtilaf Devletleri ile yapılacak barış görüşmelerinde Temsil Heyeti’nin uygun göreceği kişilerin bulunması sağlanacaktır.
Bu maddeyle Temsil Heyeti İstanbul Hükûmeti’ni denetleyerek Temsil Heyeti’nin onayı olmadan barış görüşmesinin imzalanmasını engellemek istemiştir.
5) Sivas Kongresi’nde alınan kararlar İstanbul Hükûmeti tarafından kabul edilecektir.
6) Amasya genelgesi ile Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti İstanbul Hükûmeti tarafından hukuken tanınacaktır.
Taraflar arasında hemen her konuda anlaşma sağlanmış Salih Paşa Temsil Heyeti’nin bütün isteklerini kabul etmiştir (kabul etmediği tek konu meclisin toplanacağı yerdir). Ancak Salih Paşa kararları kendisinin kabul etmesinin bir anlam ifade etmediğini, İstanbul Hükûmeti’nin de kabul etmesi hallinde kararların resmiyet kazanacağını belirtmiştir. Bu yüzden Salih Paşa Amasya’da imzalanan protokolleri İstanbul Hükûmeti’ne kabul ettirmek için elinden geleni yapacağını aksi takdirde istifa edeceğini söylemiştir.
Salih Paşa İstanbul’a döndüğünde kararları Ali Rıza Paşa Hükûmeti’ne sunmuş ancak hükûmet merkezi otoritesini korumak için kararları kabul etmemiştir. Sadece halk iradesini yönlendirmek amacıyla meclisin toplanmasını kabul etmiştir (İstanbul’da olmak şartıyla).
Salih Paşa kararları kabul ettiremediği halde istifa etmemiştir.